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まずは海外のサイトに乗っていたポケモンXのカートリッジの分解写真から。
[3DS] Pokemon X & Y is not compatibleより引用
この画像はNDS Adapter Plusの製造元のHKemsの掲示板にあったもの。
ポケモンXY発売前はファームウェアのアップデートで対応すると書いてありましたが
さすがにEEPROMが無いので対応出来ないみたいです。
このポケモンXのチップを良く見ると
CTR-EXJE-0-0と刻印されていてCTRは3DSのコードなので
任天堂のセーブ領域内蔵のROMだと推測されます。
また、Animal Crossing – New Leaf(日本ではとび森)も同じ構造で
NDS Adapter Plusでは対応出来ないみたいです。
多分、USBに接続する市販のセーブデータ読み書きする物は
ポケモンXYでは使えないと思います。
ポケモンXYのセーブ領域に触るにはGBAのULAみたいに
3DS本体を介す必要があるかもしれません。
現状、セーブデータ吸出し、改造のハードルは高そうです。