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ＶＰＳとレンタルサーバーの違いはこの２つになると思います。
管理者権限がもらえる事
システム更新などのメンテナンスが必要
まず管理者権限があると他ユーザ自体や他ユーザーのファイルなどを
削除できたりするのでスーパーユーザーともいわれています。
また、自由にシステムの設定を変更出来たり、自由にアップリケ-ションの
インストール・アンインストールが可能です。
レンタルサーバーの場合はレンタルサーバーの会社が権限を保有しています。
次にシステム更新などメンテナンスが必要というのは、
レンタルサーバーではレンタルサーバー会社がroot権限を保有しているので
会社の方で必要なシステム更新などプランによってはバックアップなどもおこないます。
しかし、ＶＰＳでは自分自身はroot権限を保有しているので自分でシステムの更新（アップデート）
やセキュリティー対策が必要になります。
これをしっかり行わないとスパムメールやウイルスメールの発信元（通称：踏み台）に使われてしまう場合も
あるので注意が必要です。
なのでレンタルサーバーが初心者から使えますが
VPSはある程度パソコンの知識が無いと難しいと思います。
特に、さくらのVPSの場合webminなどのGUIでの操作ができないので
最初はすべてSSHで対処する必要があります。
もちろんサーバソフト(Apacheなど）のインストール方法や
コマンドの解説、セキュリティ対策などはインターネットで調べれば
見つけることが出来ます。
またセキュリティ対策としてポートを塞いだり、
ポートを変更する場合や設定の変更にlinuxのテキストエディタvi
を使いますが、最初はものすごく使いにくいです。
まだMS-DOSのedit.exeの方が楽です。
クラッカーはセキュリティーの甘いサーバーを探して
乗っ取ろうと企んでいます。
WindowsのコマンドプロンプトやLinuxコンソールなどを
触ったことが無い、できる自信が無い方は一度Linuxの勉強をしてから
の方が賢明です。
