レンタルサーバーとVPSの違いについて
メリットとデメリットを上げてみます。

メリット

独自IPアドレスがもらえる
OSの変更が可能
サーバーを自由に変更出来る
専用サーバに比べて安い

デメリット

アップデートなどセキュリティ対策は自己責任
サーバが落ちていても自己責任

といったぐらいでしょうか。

IPがもらえるのはDNSサーバなどサーバを
立ち上げるのには便利です。
レンタルサーバーだとIPアドレスを複数のユーザーで
共有する形になっているので。

次にVPSの場合仮想ですが専用サーバなので
OSの変更やサーバーやサーバー設定を自由に
変更やソフトのインストールが出来ます。

もちろん、仮想サーバなので
物理サーバを複数のユーザー共有する形になるので
専用サーバよりは安くなると思います。
しかし仮想でも専用サーバなので負荷の掛かるCGIを
実行しても問題有りません。
ただし、動画配信など帯域を占有する様な場合は
問題になるかもしれません。

次にデメリットですが、
物理サーバの保守管理はさくらインターネットが行いますが
仮想サーバはrootを各ユーザーが所持してますので
各ユーザーが行う必要があります。
アップデートはwebminがオススメ

もちろんセキュリティも自己責任です。
ウイルス付スパムメールの送信元ならない為にも
メールサーバの運用は慎重に。
最初のセキュリティ対策としてSSHポートの変更とrootでのログイン禁止

最後にサーバが落ちていても自己責任ですが
これはもしwebサーバであるapacheが落ちていて
サイトが表示されなくても直してはくれません。
レンタルサーバーだと複数のユーザーは共有しているのと
rootは業者が持っていて、たぶん監視も行っていると思います。
たぶん、仮想サーバが落ちていても教えてはくれません。

私も去年サイトが表示されない事があったので
SSH接続も出来なかったのでコントロールパネルを見たら
CPUの使用率が高いので再起動を行ったら直りました。